Το Γενικό Νοσοκομείο Κομοτηνής "Σισμανόγλειο" είναι μια αποκεντρωμένη και ανεξάρτητη μονάδα παροχής υπηρεσιών υγείας που παρέχει ζωτικής σημασίας υπηρεσίες στους τομείς της πρωτοβάθμιας, δευτεροβάθμιας και επείγουσας υγειονομικής περίθαλψης στους πολίτες της ευρύτερης περιοχής της περιφερειακής μονάδας της Ροδόπης. Έχει συνολική χωρητικότητα 200 κλινών, από τα οποία 4 κρεβάτια μονάδας εντατικής θεραπείας. Διαθέτει οργανωμένα χειρουργεία, τα οποίο αποτελούνται από 4 χειρουργικές αίθουσες. Το Νοσοκομείο αποτελείται από τρία τμήματα: διοικητικό, ιατρικό, Νοσηλευτικό. Ο αριθμός των εργαζομένων είναι περίπου 400 άτομα.
Έχοντας διοικητική και οικονομική αυτοτέλεια, διοικείται από ένα πενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο. Πρόεδρος του Δ.Σ είναι ο Διοικητής του Νοσοκομείου.
Οι οικονομικοί πόροι του νοσοκομείου προέρχονται κυρίως από κρατικές επιχορηγήσεις, με συνολικό ετήσιο προϋπολογισμό άνω των 7.000.000 €.